Paket: maq (0.7.1-8)

[ Quellcode: maq  ]

Kartiert kurze polymorphe DNA-Sequenzen mit fester Länge auf Referenzsequenzen

Maq (kurz für Mapping and Assembly with Quality) erstellt kartierende Anordnungen von kurzen DNA-Sequenzen, wie sie von Sequenziergeräten der nächsten Generation erzeugt werden. Das Programm wurde speziell für den Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer entwickelt und hat eine erste Implementierung für den Umgang mit mit ABI-SOLiD-Daten. Maq war zuvor bekannt als mapass2.

Die Entwicklung von Maq wurde im Jahr 2008 eingestellt. Seine Nachfolger sind BWA und SAMtools.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c++, implemented-in::perl, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: role::program, scope::utility, Zweck: Benötige eine zusätzliche Markierung, Analyse, use::comparing, use::searching, Unterstützt Formate: Benötige eine zusätzliche Markierung, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Andere Pakete mit Bezug zu maq

• dep: libc6 (>= 2.27)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [arm64, i386]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	305,4 kB	553,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	293,7 kB	521,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	302,6 kB	492,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	319,8 kB	609,0 kB	[Liste der Dateien]