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Paket: boxshade (3.3.1-12)

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Pretty-printing von multiplen Sequenzalignments

Boxshade erstellt gut aussehende Darstellungen von Alignments von Protein- oder DNA-Sequenzen. Das Programm alignt die Sequenzen nicht selbst, sondern benötigt als Eingabe eine Datei, die automatisch von einem Programm für Multiple Alignments oder manuell mit einem Alignment-Editor erstellt wurde.

Boxshade liest Alignments in den Formaten PILEUP-MSF, CLUSTAL-ALN, MALIGNED-data und ESEE-save (bis zu 150 Sequenzen von maximal je 10000 Elementen). Verschiedene Regeln für die Schattierung und Färbung werden angeboten, um biochemische Ähnlichkeiten der Seitenketten in den Spalten zu reflektieren. Die Ausgabe erfolgt auf den Bildschirm oder in eine Datei. Angeboten werden die Formate ANSI/VT100, PS/EPS, RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT und HTML.

Markierungen: Biologie: Clustal/ALN, Proteine, Feld: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: scope::utility, use::typesetting, Unterstützt Formate: works-with-format::html, works-with-format::plaintext, works-with-format::postscript, works-with-format::tex, Arbeitet mit: Benötige eine zusätzliche Markierung, Text

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