Paket: bali-phy (3.4+dfsg-1)

[ Quellcode: bali-phy  ]

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Andere Pakete mit Bezug zu bali-phy

• dep: libboost-chrono1.67.0

  C++-Darstellung von Zeitspannen, Zeitpunkten und Uhren

• dep: libboost-filesystem1.67.0

  Dateisystemoperationen (portable Pfade, Iterationen über Verzeichnisse, usw.) in C++

• dep: libboost-program-options1.67.0

  C++-Bibliothek für Programmoptionen

• dep: libboost-random1.67.0

  Boost Random Number Library

• dep: libboost-system1.67.0

  Betriebssystemsbibliothek (etwa Unterstützung der Diagnostik)

• dep: libc6 (>= 2.23)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  2D-Vektorgrafikbibliothek Cairo

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [amd64]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [arm64, i386]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• rec: gnuplot

  Kommandozeilengesteuertes, interaktives Plot-Programm
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  GNU R - ein System für statistische Berechnungen und Grafiken

• sug: figtree

  Grafischer Betrachter für phylogenetische Bäume

• sug: seaview

  Schnittstelle mehrerer Plattformen für Sequenzalignments und Phylogenie

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	5.017,5 kB	25.561,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	4.682,4 kB	23.393,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	3.939,7 kB	15.849,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	4.913,3 kB	25.392,0 kB	[Liste der Dateien]