Paket: umis (1.0.7-1 und andere)

[ Quellcode: umis  ]

tools for processing UMI RNA-tag data

Umis provides tools for estimating expression in RNA-Seq data which performs sequencing of end tags of transcript, and incorporate molecular tags to correct for amplification bias.

There are four steps in this process.

 1. Formatting reads
 2. Filtering noisy cellular barcodes
 3. Pseudo-mapping to cDNAs
 4. Counting molecular identifiers

Andere Pakete mit Bezug zu umis

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.4) [nicht arm64, ppc64el]

• dep: python3

  Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)

  dep: python3 (<< 3.10)

  dep: python3 (>= 3.9~)

• dep: python3-click

  Wrapper um optparse für Befehlszeilenprogramme - Python 3.x

• dep: python3-pandas

  data structures for "relational" or "labeled" data

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-regex

  Alternatives Modul für reguläre Ausdrücke (Python 3)

• dep: python3-scipy

  Wissenschaftliche Werkzeuge für Python 3

• dep: python3-toolz

  List processing tools and functional utilities

• sug: umis-examples

  tools for processing UMI RNA-tag data (examples)

umis herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	1.0.7-1+b1	25,2 kB	114,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.0.7-1+b1	24,8 kB	110,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.0.7-1+b1	25,7 kB	109,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.0.7-1+b1	24,3 kB	105,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.0.7-1+b1	25,7 kB	109,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.0.7-1+b1	25,1 kB	111,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	1.0.7-1+b1	25,0 kB	110,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.0.7-1+b1	25,6 kB	158,0 kB	[Liste der Dateien]