Paket: proteinortho (6.0.28+dfsg-1)

[ Quellcode: proteinortho  ]

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

Proteinortho is a stand-alone tool that is geared towards large datasets and makes use of distributed computing techniques when run on multi-core hardware. It implements an extended version of the reciprocal best alignment heuristic. Proteinortho was applied to compute orthologous proteins in the complete set of all 717 eubacterial genomes available at NCBI at the beginning of 2009. Authors succeeded identifying thirty proteins present in 99% of all bacterial proteomes.

Andere Pakete mit Bezug zu proteinortho

• dep: diamond-aligner

  accelerated BLAST compatible local sequence aligner

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.7) [s390x]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: liblapack3

  Bibliothek von Routinen für Lineare Algebra (3) - gemeinsame Version

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• dep: procps

  Hilfswerkzeuge für das /proc-Dateisystem

• dep: python3

  Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	206,0 kB	790,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	197,5 kB	754,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	209,6 kB	946,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	199,0 kB	778,0 kB	[Liste der Dateien]