Paket: ncbi-blast+ (2.11.0+ds-1)

[ Quellcode: ncbi-blast+  ]

next generation suite of BLAST sequence search tools

The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) is the most widely used sequence similarity tool. There are versions of BLAST that compare protein queries to protein databases, nucleotide queries to nucleotide databases, as well as versions that translate nucleotide queries or databases in all six frames and compare to protein databases or queries. PSI-BLAST produces a position-specific-scoring-matrix (PSSM) starting with a protein query, and then uses that PSSM to perform further searches. It is also possible to compare a protein or nucleotide query to a database of PSSM’s. The NCBI supports a BLAST web page at blast.ncbi.nlm.nih.gov as well as a network service.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c++, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: use::analysing, works-with::biological-sequence

Andere Pakete mit Bezug zu ncbi-blast+

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  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

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• dep: libmbedcrypto3 (>= 2.13)

  Leichtgewichtige Krypto- und SSL/TLS-Bibliothek - Kryptobibliothek

• dep: libmbedtls12 (>= 2.13)

  Leichtgewichtige Krypto- und SSL/TLS-Bibliothek - TLS-Bibliothek

• dep: libpcre3

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  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: ncbi-data

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• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• dep: python3

  Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.11.dfsg)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	11.027,6 kB	48.457,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	9.952,6 kB	46.144,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	9.277,9 kB	39.361,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	9.512,3 kB	32.497,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	11.910,6 kB	47.640,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	8.183,2 kB	53.819,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	8.264,3 kB	52.934,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	11.161,4 kB	59.079,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	9.900,3 kB	48.543,0 kB	[Liste der Dateien]