Paket: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-5)

[ Quellcode: lumpy-sv  ]

general probabilistic framework for structural variant discovery

LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.

Andere Pakete mit Bezug zu lumpy-sv

• dep: bamkit

  tools for common BAM file manipulations

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 9) [nicht armel, armhf]

• dep: python3

  Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)

• dep: python3-numpy

  Schnelle Array-Einrichtung für die Sprache Python 3

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• rec: sambamba

  tools for working with SAM/BAM data

lumpy-sv herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	181,5 kB	631,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	159,7 kB	563,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	153,3 kB	545,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	161,4 kB	433,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	198,4 kB	673,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	167,4 kB	720,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	175,8 kB	708,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	183,2 kB	803,0 kB	[Liste der Dateien]