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Paket: jellyfish (2.3.0-10)

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Zählt k-mere in DNA-Sequenzen

JELLYFISH ist ein Werkzeug für schnelles, speichereffizientes Zählen von k-meren in DNA. Ein k-mer ist ein Substring der Länge k. Die Vorkommen aller solcher Substrings zu zählen ist ein zentraler Schritt in vielen Analysen von DNA-Sequenzen. JELLYFISH kann k-mere mit einer Größenordnung weniger Speicher und einer Größenordnung schneller als andere Pakete zählen. Dies ist durch eine effiziente Kodierung einer Hashtabelle und durch Ausnutzung der CPU-Anweisung »Compare-and-Swap« für eine erhöhte Parallelisierung möglich.

JELLYFISH ist ein Befehlszeilenprogramm, das FASTA- und multi-FASTA-Dateien bestehend aus DNA-Sequenzen liest. Die Zählung der k-mere wird in einem Binärformat ausgegeben, das mit dem Befehl »jellyfish dump« in ein menschenlesbares Textformat übersetzt werden kann.

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