Paket: barrnap (0.9+dfsg-2)

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Homepage [www.vicbioinformatics.com]

rapid ribosomal RNA prediction

Barrnap (BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor) predicts the location of ribosomal RNA genes in genomes. It supports bacteria (5S,23S,16S), archaea (5S,5.8S,23S,16S), mitochondria (12S,16S) and eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S).

It takes FASTA DNA sequence as input, and writes GFF3 as output. It uses the NHMMER tool that comes with HMMER 3.1 for HMM searching in RNA:DNA style. Multithreading is supported and one can expect roughly linear speed-ups with more CPUs.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::perl, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: use::searching, works-with::biological-sequence

Andere Pakete mit Bezug zu barrnap

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: bedtools

Hilfswerkzeugsammlung zum Vergleich genomischer Merkmale
dep: hmmer (>= 3.1)

Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

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