Paket: prokka (1.14.6+dfsg-3)

[ Quellcode: prokka  ]

rapid annotation of prokaryotic genomes

A typical 4 Mbp genome can be fully annotated in less than 10 minutes on a quad-core computer, and scales well to 32 core SMP systems. It produces GFF3, GBK and SQN files that are ready for editing in Sequin and ultimately submitted to Genbank/DDJB/ENA.

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• dep: libswiss-perl

  Perl API to the UniProt database

• dep: libxml-simple-perl

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  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: ncbi-tools-bin

  NCBI libraries for biology applications (text-based utilities)

• dep: parallel

  build and execute command lines from standard input in parallel

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• dep: prodigal

  Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	9.734,2 kB	92.548,0 kB	[Liste der Dateien]