Paket: canu (2.0+dfsg-1)

[ Quellcode: canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Andere Pakete mit Bezug zu canu

• dep: gnuplot

  Kommandozeilengesteuertes, interaktives Plot-Programm
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Modul zur Gewinnung von Informationen zur Plattennutzung von Dateisystemen

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: mhap (>= 2.1.3)

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• sug: pbgenomicconsensus

  Paket nicht verfügbar

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
arm64	1.100,2 kB	8.667,0 kB	[Liste der Dateien]