Paket: snakemake (7.21.0-1)

[ Quellcode: snakemake  ]

pythonic workflow management system

Build systems like GNU Make are frequently used to create complicated workflows, e.g. in bioinformatics. This project aims to reduce the complexity of creating workflows by providing a clean and modern domain specific language (DSL) in Python style, together with a fast and comfortable execution environment.

Andere Pakete mit Bezug zu snakemake

• dep: ca-certificates

  Häufig genutzte Zertifizierungsstellen

• dep: libjs-bootstrap

  HTML-, CSS- und JavaScript-Rahmenwerk

• dep: libjs-jquery

  JavaScript-Bibliothek für dynamische Webanwendungen

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-appdirs

  determining appropriate platform-specific directories (Python 3)

• dep: python3-configargparse

  Ersatz für argparse mit Konfigurationsdateien und Umgebungsvariablen (Python 3)

• dep: python3-connection-pool

  thread-safe connection pool for Python3

• dep: python3-datrie

  Super-fast, efficiently stored Trie for Python 3

• dep: python3-docutils

  Textverarbeitungssystem für reStructuredText (Python-3-Implementierung)

• dep: python3-git

  Python library to interact with Git repositories

• dep: python3-humanfriendly

  Python3 library to make user friendly text interfaces

• dep: python3-jinja2 (>= 3.0~)

  Eigenständiges, kleines, aber schnelles und einfach bedienbares Vorlagenprogramm

• dep: python3-jsonschema

  Eine (weitere) Implementierung von JSON Schema (Draft 3, 4, 6, 7)

• dep: python3-nbformat

  Das Jupyter-Notebook-Format (Python 3)

• dep: python3-pkg-resources

  Paketermittlung und Ressourcenzugriff mittels pkg_resources

• dep: python3-psutil

  Modul mit komfortablen Funktionen für die Prozessverwaltung (Python 3)

• dep: python3-pulp (>= 2.0~)

  LP modeler - Python 3.x

• dep: python3-ratelimiter

  simple Python library for limiting the rate of operations

• dep: python3-requests

  Elegante und einfache Python-3-HTTP-Bibliothek, für Menschen gebaut

• dep: python3-retry

  easy to use retry decorator

• dep: python3-smart-open (>= 3.0~)

  utils for streaming large files

• dep: python3-stopit

  Timeout control decorator and context manager for Python3

• dep: python3-tabulate

  pretty-print tabular data in Python3

• dep: python3-throttler

  easy throttling with asyncio support for Python3

• dep: python3-toposort

  topological sort algorithm - Python 3 module

• dep: python3-wrapt

  Decorators, Wrapper und »monkey patches« - Python 3.x

• dep: python3-yaml

  Python3-Parser und -Emitter für YAML

• rec: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

• rec: imagemagick

  Bildbearbeitungsprogramme - Binärprogramme
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch graphicsmagick-imagemagick-compat, imagemagick-6.q16

• rec: python3-azure-storage

  Microsoft Azure Storage Library for Python 3.x

• rec: python3-biopython

  Python-3-Bibliothek für die Bioinformatik

• rec: python3-boto3

  Python interface to Amazon's Web Services - Python 3.x

• rec: python3-botocore

  Low-level, data-driven core of boto 3 (Python 3)

• rec: python3-dropbox

  Official Dropbox API Client (Python3 version)

• rec: python3-flask

  Web-Rahmenwerk auf Grundlage von Werkzeug und Jinja2 - Python 3.x

• rec: python3-ftputil

  high-level FTP client library for Python

• rec: python3-irodsclient

  Client API for iRods

• rec: python3-kubernetes

  Kubernetes Python client - Python 3.x

• rec: python3-pygments

  Python-3-Paket zur Syntaxhervorhebung

• rec: python3-tz

  Python-3-Version der Olson-Zeitzonendatenbank

• rec: python3-urllib3

  Python-3-HTTP-Bibliothek mit thread-sicherer Wiederverwendung von Verbindungen

• rec: python3-yappi

  Yet Another Python Profiler - Python 3.x

• sug: slurm-client

  Slurm client side commands

• sug: snakemake-doc

  documentation for pythonic workflow management system

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