Paket: hhsuite (3.3.0+ds-7 und andere)

[ Quellcode: hhsuite  ]

Sensible Proteinsequenzsuchen, basierend auf HMM-HMM-Alignment

HH-suite ist ein quelloffenes Softwarepaket für sensible Proteinsequenzsuchen, basierend auf paarweisen Alignments von Hidden-Markov-Modellen (HMMe).

Dieses Paket enthält HHsearch, HHblits sowie weitere Programme und Hilfswerkzeuge.

HHsearch akzeptiert als Eingabe ein multiples Sequenzalignment (MSA) oder Profil-HMM und durchsucht eine HMM-Datenbank (z.B. PDB, Pfam oder InterPRo) nach homologen Proteinen. HHsearch wird oft bei Proteinstrukturvorhersagen verwendet, um homologe Matrizen (Templates) zu erkennen und hochakkurate paarweise Alignments mit Abfrage-Matrizen für Homology Modelling zu erstellen.

HHblits kann hochqualitative MSAs aus einzelnen Sequenzen oder aus MSAs erstellen. Es transformiert diese in ein Abfrage-HMM und fügt der aktualisierten Abfrage-HMM - mittels iterativer Suche - signifikant ähnliche Sequenzen der vorherigen Suche hinzu, um diese bei der nächsten Suchiteration zu verwenden. HHblits ist verglichen mit PSI-BLAST schneller, bis zu doppelt so sensibel und erstellt genauere Alignments.

Andere Pakete mit Bezug zu hhsuite

• dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-7)

  sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment (data)

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf, ppc64el]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

hhsuite herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	3.3.0+ds-7+b2	53.731,8 kB	463.608,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	3.3.0+ds-7+b2	10.128,8 kB	77.559,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	3.3.0+ds-7+b2	10.126,1 kB	77.258,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	3.3.0+ds-7+b2	10.098,7 kB	75.382,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	3.3.0+ds-7+b2	72.245,8 kB	622.859,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	3.3.0+ds-7+b2	10.104,0 kB	79.801,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	3.3.0+ds-7+b2	10.126,4 kB	79.781,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	3.3.0+ds-7+b2	10.315,4 kB	79.735,0 kB	[Liste der Dateien]