Package: rsem (1.3.3+dfsg-3 and others)

[ Source: rsem  ]

RNA-Seq ved Expectation-Maximization

RSEM er en programpakke til at estimere gen- og isoform-udtryksniveauer fra RNA-Seq-data. Pakken RSEM tilbyder en brugervenlig grænseflade, understøtter tråde for parallel beregning af EM-algoritmen, single-end og paired-end læste data, kvalitetsbedømmelser, variabel-længde læsninger og RSPD-estimering. Derudover tilbydes posterior gennemsnit og 95 % troværdighedsintervalestimater for udtryksniveauer. For visualisering kan oprettes BAM- og Wigglefiler i både transcript-coordinate og genomic-coordinate. Genomic-coordinate-filer kan visualiseres af både UCSC-genombrowser og Broad Institutes Integrative Genomics Viewer (IGV). Transcript-coordinate-filer kan visualiseres af IGV. RSEM har også sine egne skripter til at oprette transkript-læsningsdybdeplot i pdf-format. Den unikke funktion af RSEM er at læsningsdybdeplot kan stables, med læsningsdybde bidrage til unikke læsninger vist i sort og bidrag til multi-læsninger vist i rødt. Derudover kan modeller lært fra data også visualiseres. Sidst men ikke mindst kan RSEM indeholde en simulator.

Other Packages Related to rsem

• dep: bowtie

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

  or bowtie2

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: r-base-core

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• sug: hisat2

  Grafbaseret sammenligning af korte nukleoide læsninger for mange genomer

• sug: r-bioc-ebseq

  R-pakke for RNS-Seq-differentiel udtryksanalyse

Download rsem

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.3.3+dfsg-3+b1	35,295.5 kB	37,100.0 kB	[list of files]
arm64	1.3.3+dfsg-3+b1	35,231.6 kB	37,212.0 kB	[list of files]
mips64el	1.3.3+dfsg-3+b1	35,248.4 kB	37,606.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.3.3+dfsg-3+b1	35,270.7 kB	37,532.0 kB	[list of files]
s390x	1.3.3+dfsg-3+b1	35,294.8 kB	37,180.0 kB	[list of files]