Package: mafft (7.505-1 and others)

[ Source: mafft  ]

Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser

MAFFT er et program til justering af flere sekvenser, der tilbyder tre præcisionsorienterede metoder:

  * L-INS-i (nok mest præcis, anbefales for <200 sekvenser;
    iterativ raffineringsmetode som indarbejder information om lokal
    parvis justering),
  * G-INS-i (egnet til sekvenser af samme længder; anbefales til
    <200 sekvenser; iterativ raffineringsmetode til at indarbejde
    information om den globalt parvise justering),
  * E-INS-i (egnet til sekvenser, der indeholder store regioner som ikke
    kan justeres; anbefales til <200 sekvenser),

og fem hastigheds-orienterede metoder:

  * FFT-NS-i (iterativ raffineringsmetode; blot to cyklusser),
  * FFT-NS-i (iterativ raffineringmetode; maks. 1000 gentagelser),
  * FFT-NS-2 (hurtig; progressiv metode),
  * FFT-NS-1 (meget hurtig; anbefales til >2000 sekvenser; progressiv
    metode med en groft vejledende træ),
  * NW-NS-PartTree-1 (anbefales til ~50.000 sekvenser; progressiv
    metoden med PartTree-algoritmen).

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext, Works with: Biological Sequence

Other Packages Related to mafft

• dep: libc6 (>= 2.29) [not arm64, riscv64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• rec: blast2

  Package not available

• rec: libwww-perl

  Simpel og konsistent grænseflade til World Wide Web

• rec: lynx

  Klassik internetbrowser i teksttilstand

• rec: ruby

  Fortolker af det objektorienterede skriptsprog Ruby - standardversion

• enh: t-coffee

  Flersekvensjustering

Download mafft

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	7.505-1	1,052.5 kB	11,920.0 kB	[list of files]
arm64	7.505-1+b1	937.9 kB	12,408.0 kB	[list of files]
armel	7.505-1	916.0 kB	12,403.0 kB	[list of files]
armhf	7.505-1	765.3 kB	9,139.0 kB	[list of files]
i386	7.505-1	983.3 kB	13,119.0 kB	[list of files]
ppc64el	7.505-1	1,019.2 kB	16,336.0 kB	[list of files]
riscv64	7.505-1+b1	1,085.5 kB	9,760.0 kB	[list of files]
s390x	7.505-1	891.0 kB	13,010.0 kB	[list of files]