all options
wheezy  ] [  jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Source: t-coffee  ]

Package: t-coffee (11.00.8cbe486-5)

Links for t-coffee

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package t-coffee:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Flersekvensjustering

T-Coffee er en pakke for flersekvensjustering. Givet et sæt af sekvenser (proteiner eller DNA) opretter T-Coffee en flersekvensjustering. Version 2.00 og højere kan mikse sekvenser og strukturer.

T-Coffee tillader kombinationen af flere/parvise, globale eller lokale justeringer i en enkel model. Programmet kan også estimere konsistensniveauet for hver placering i den nye justering med resten af justeringen. Se pre-print for yderligere information.

T-Coffee har en variant kaldet M-Coffee som gør det muligt at kombinere uddata af mange flersekvensjusteringspakker. I sin udgivet version bruger den MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA og T-Coffee. En speciel version er blevet lavet for Debian, DM-Coffee, som kun bruger frie programmer ved at erstatte Clustal W med Kalign. Brug af 8 Methods for M-Coffee kan undertiden være ret tungt. Du kan bruge et undersæt af dine favoritmetoder, hvis du foretrækker dette.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::analysing, use::comparing, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Other Packages Related to t-coffee

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download t-coffee

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
amd64 1,872.9 kB3,683.0 kB [list of files]
arm64 1,752.5 kB3,559.0 kB [list of files]
armel 1,713.4 kB3,506.0 kB [list of files]
armhf 1,730.3 kB2,902.0 kB [list of files]
i386 1,874.0 kB3,974.0 kB [list of files]
mips 1,799.8 kB4,142.0 kB [list of files]
mips64el 1,815.9 kB4,227.0 kB [list of files]
mipsel 1,811.7 kB4,142.0 kB [list of files]
ppc64el 1,843.8 kB4,139.0 kB [list of files]
s390x 1,764.5 kB3,863.0 kB [list of files]