all options
stretch  ] [  stretch-backports  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Source: kraken  ]

Package: kraken (0.10.5~beta-2 and others)

Links for kraken

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package kraken:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Tildeling af taksonomiske etiketter til korte DNA-sekvenser

Kraken er et system til tildeling af taksonomiske etiketter til korte DNA- sekvenser, normalt indhentet via metagenomiske studier. Tidligere forsøg fra andre bioinformatikprogrammer på at fuldføre denne opgave har ofte brugt sekvenssammenligning eller maskinindlæringsteknikker, som var ret så langsomme, hvilket førte til udviklingen af mindre sensitive men meget hurtigere programmer for overflodsestimering. Kraken forsøger at opnå høj sensitivitet og høj hastighed ved at udnytte præcise sammenligninger af k- mers og en ny klassifikationsalgoritme.

I sin hurtigste operationstilstand, for et simuleret metagenom for 100 bp- læsninger, behandlede Kraken over 4 millioner læsninger per minut på en enkel kerne, over 900 gange hurtigere end Megablast og over 11 gange hurtigere end overflodsestimeringsprogrammet MetaPhlAn. Krakens præcision er sammenlignelig med Megablast, med en smule mindre sensitivitet og meget høj præcision.

Other Packages Related to kraken

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download kraken

Download for all available architectures
Architecture Version Package Size Installed Size Files
amd64 0.10.5~beta-2+b1 79.4 kB356.0 kB [list of files]
arm64 0.10.5~beta-2+b1 74.1 kB339.0 kB [list of files]
armel 0.10.5~beta-2+b1 73.5 kB336.0 kB [list of files]
armhf 0.10.5~beta-2+b1 74.2 kB292.0 kB [list of files]
i386 0.10.5~beta-2+b1 85.0 kB366.0 kB [list of files]
mips 0.10.5~beta-2+b1 82.9 kB391.0 kB [list of files]
mips64el 0.10.5~beta-2+b1 81.4 kB410.0 kB [list of files]
mipsel 0.10.5~beta-2+b1 84.1 kB391.0 kB [list of files]
ppc64el 0.10.5~beta-2+b1 79.1 kB555.0 kB [list of files]
s390x 0.10.5~beta-2+b1 77.2 kB376.0 kB [list of files]