Package: stringtie (2.2.1+ds-3 and others)

[ Source: stringtie  ]

Saml korte RNAseq-læsninger til transkripter

Mangfoldigheden af transkripter i menneskevævsprøver kan bestemmes via RNA-sekventering. Den præcise sekvens indhentet kan være vilkårlig, afhængig af anvendt teknologi. Og den kan være kort, dvs. kortere end transkripten. På et tidspunkt har mange korte læsninger brug for at samles til modellen for den fuldstændige transkript.

StringTie ved hvordan RNA-seq skal samles til potentielle transkripter uden behov for et referencegenom og tilbyder en kvantifikation af splice- varianterne.

Other Packages Related to stringtie

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  højkvalitets bloksorteringsfilpakningsbibliotek - kørselstid

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, i386, mips64el, ppc64, riscv64, sh4, x32]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: stringtie-examples

  Package not available

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Download stringtie

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.2.1+ds-3+b1	377.7 kB	1,263.0 kB	[list of files]
amd64	2.2.1+ds-3+b1	404.4 kB	1,025.0 kB	[list of files]
arm64	2.2.1+ds-3+b1	347.8 kB	1,005.0 kB	[list of files]
armel	2.2.1+ds-3+b1	342.6 kB	972.0 kB	[list of files]
armhf	2.2.1+ds-3+b1	349.7 kB	684.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	2.2.1+ds-3+b1	347.3 kB	1,124.0 kB	[list of files]
i386	2.2.1+ds-3+b1	433.3 kB	1,284.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2.2.1+ds-3+b1	504.8 kB	2,359.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	2.2.1+ds-3+b1	334.4 kB	932.0 kB	[list of files]
mips64el	2.2.1+ds-3+b1	357.5 kB	1,239.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	2.2.1+ds-3+b1	410.1 kB	1,325.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.2.1+ds-3+b1	414.9 kB	1,261.0 kB	[list of files]
riscv64	2.2.1+ds-3+b1	390.0 kB	773.0 kB	[list of files]
s390x	2.2.1+ds-3+b1	418.4 kB	1,121.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	2.2.1+ds-3+b1	464.2 kB	877.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	2.2.1+ds-3+b1	351.1 kB	1,073.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	2.2.1+ds-3+b1	401.5 kB	1,004.0 kB	[list of files]