Package: rna-star (2.7.11b+dfsg-1 and others)

[ Source: rna-star  ]

Ultrahurtig univerel RNA-seq-sammenligningsprogram

Programmet Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR) baseret på en tidligere ubeskrevet RNA-seq-sammenligningsalgoritme, som bruger sekventiel maksimal kortlægningsparat seed-søgning i suffikstabeller uden komprimering efterfulgt af seed-klyngeopbygning og syning. STAR er bedre end andre sammenligningsprogrammer med en faktor >50 i kortlægningshastighed, sammenligning med menneskets genom 550 million 2 × 76 bp parret-slut læsninger per time på en moderat server med 12-kerner, mens der på samme tid er en forbedring af sammenligningssensitivitet og præcision. Udover fordomsfri de novo-registrering af kanoniske bindinger kan STAR registrere ikkekanoniske dele og chimeric (fusion) transkriptioner, og kan også oversætte RNA-sekvenser i fuld længde. Via Rocke 454-sekvensering af »reverse transcription polymerase chain reaction amplicons« validerede forfatterne eksperimentelt 1960 novel mellemgenom delbindinger med 80-90 % succes, underbyggende den høje præcision i START-kortlægningsstrategien.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to rna-star

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.19) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [not m68k, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, mips64el]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.3.1) [x32]

  Package not available

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Package not available

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [x32]

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [not m68k, sh4, x32]

• dep: libhts1 (>= 1.0) [m68k, sh4, x32]

  Package not available

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [not m68k, sh4, x32]

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not m68k, sh4, x32]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 4.9) [sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, x32]

Download rna-star

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.7.11b+dfsg-1+b1	3,363.4 kB	21,608.0 kB	[list of files]
arm64	2.7.11b+dfsg-1+b1	702.8 kB	2,572.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	2.4.2a+dfsg-1+b1	314.5 kB	691.0 kB	[list of files]
mips64el	2.7.11b+dfsg-1+b1	678.8 kB	3,000.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.7.11b+dfsg-1+b1	745.0 kB	2,956.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	2.4.2a+dfsg-1	405.5 kB	734.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	2.5.2a+dfsg-2	361.0 kB	797.0 kB	[list of files]