Package: qcumber (2.3.0-2)

[ Source: qcumber  ]

Kvalitetskontrol af genomsekvenser

QCPipeline er et værktøj til kvalitetskontrol. Arbejdsforløbet er som i det følgende:

 1. Kvalitetskontrol med FastQC
 2. Ryd op i læsninger med Trimmomatic
 3. Kvalitetskontrol af læsningerne med FastQC
 4. Oversæt læsninger mod reference via bowtie2
 5. Klassificer læsninger med Kraken

Other Packages Related to qcumber

• dep: debconf (>= 0.5)

  Debian konfigurationshåndteringssystem

  or debconf-2.0

  virtual package provided by cdebconf, cdebconf-udeb, debconf

• dep: libjs-angularjs

  lets you write client-side web applications as if you had a smarter browser

• dep: libjs-bootstrap

  HTML, CSS og JS-ramme

• dep: libjs-d3

  JavaScript visualization library for HTML and SVG

• dep: libjs-jquery

  JavaScript-bibliotek for dynamiske internetprogrammer

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• dep: python3-jinja2

  Lille men hurtigt og letanvendelig enkeltstående skabelon-generator

• dep: python3-matplotlib

  Pythonbaseret plotsystem i en stil svarende til Matlab - Python 3

• dep: r-base-core

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-bioc-savr

  GNU R - fortolk og analyser Illumina SAV-filer

• dep: r-cran-ggplot2

  Implementering af Grammar of Graphics

• dep: r-cran-quantreg

  GNU R-pakke for quantile-regression

• dep: snakemake

  Pythonisk system for håndtering af arbejdsforløb

Download qcumber

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	49.3 kB	236.0 kB	[list of files]