Package: libvcflib-tools (1.0.9+dfsg1-3 and others)

[ Source: libvcflib  ]

C++-bibliotek til at fortolke og manipulere VCF-filer - værktøjer

Variant Call Format (VCF) er en flad fil, indryk afgrænser tekstformatet, lavet til præcist at beskrive referenceindekserede variationer mellem individer. VCF tilbyder et fælles udvekslingsformat for beskrivelsen af variation i individer og befolkninger, og har nogle standardformater til rapportering for en bred vifte af registreringsprogrammer til genvarianter.

Vcflib tilbyder metoder til at manipulere og fortolke sekvensvariation som det er beskrevet af VCF. Det er både:

 * en API til at fortolke og arbejde på poster med genvariation, som
   det kan beskrives af VCF-formatet
 * og en samling af kommandolinjeredskaber for afvikling af komplekse
   manipuleringer på VCF-filer.

Denne pakke indeholder flere værktøjer, der bruger biblioteket.

Other Packages Related to libvcflib-tools

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  højkvalitets bloksorteringsfilpakningsbibliotek - kørselstid

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.35) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  Bibliotek for entropimåling af bytestrømme

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f) [amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, sparc64]

  Bibliotek for indeksering og sekvensudtrækning fra FASTA-filer - bibliotek

  dep: libfastahack0 (>= 1.0.0+dfsg) [alpha, m68k, ppc64, riscv64, sh4, x32]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [x32]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, mips64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [not ia64, m68k, ppc64, sh4, x32]

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libhts3 (>= 1.10) [sparc64]

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809) [sparc64]

  Kompressionsbibliotek for XZ-formatet

• dep: libsmithwaterman0 (>= 0.0+git20160702.2610e25)

  Bestem lignende regioner mellem to strenge eller genomsekvenser - bibliotek

• dep: libssw0 (>= 1.1) [sparc64]

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 13.2.0-7) [alpha]

• dep: libtabixpp0 (>= 1.0.0) [not amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: libtabixpp0t64 (>= 1.0.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: libvcflib1 (>= 1.0.3+dfsg) [ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32]

  C++-bibliotek til at fortolke og manipulere VCF-filer

• dep: libvcflib2 (>= 1.0.9+dfsg1) [alpha, amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

  C++-bibliotek til at fortolke og manipulere VCF-filer

• dep: libwfa2-0 (>= 2.3.3) [alpha, amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

  exact gap-affine algorithm (shared library)

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: r-base-core

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-cran-ggplot2

  Implementering af Grammar of Graphics

• dep: r-cran-gridbase

  GNU R-integration af base- og gittergrafik

• dep: r-cran-plyr

  tools for splitting, applying and combining data

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• sug: r-cran-pracma

  practical numerical math functions for GNU R

Download libvcflib-tools

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.0.9+dfsg1-3	613.1 kB	6,870.0 kB	[list of files]
amd64	1.0.9+dfsg1-3+b1	635.3 kB	3,830.0 kB	[list of files]
arm64	1.0.9+dfsg1-3+b1	564.4 kB	6,594.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.0.3+dfsg-2	853.2 kB	8,189.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.0.3+dfsg-2	711.2 kB	4,531.0 kB	[list of files]
mips64el	1.0.9+dfsg1-3+b1	591.2 kB	6,858.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.0.3+dfsg-2	707.1 kB	8,228.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.0.9+dfsg1-3+b1	624.2 kB	6,786.0 kB	[list of files]
riscv64	1.0.9+dfsg1-3+b1	619.9 kB	2,974.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.0.3+dfsg-2	808.7 kB	6,691.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.0.3+dfsg-2	816.8 kB	91,827.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.0.3+dfsg-2	729.6 kB	4,483.0 kB	[list of files]