Package: gromacs (2024.1-1 and others)

[ Source: gromacs  ]

Simulator af molekyldynamik med bygge- og analyseværktøjer

GROMACS er en alsidig pakke til at udføre molekyldynamik med, dvs. simulere Newtons bevægelsesligninger for systemer med hundrede til millioner partikler.

GROMACS er primært designet til biokemiske molekyler såsom proteiner og lipider, som har en masse komplicerede bindingsvekselvirkninger, men da GROMACS er ekstremt hurtig til at beregne ikke-bindingsvekselvirkninger (som plejer at dominere simuleringer), anvender mange grupper det også til forskning inden for ikke-biologiske systemer, f.eks. polymerer.

Denne pakke indeholder varianter både for afvikling på en enkelt maskine og via MPI-grænsefladen på tværs af flere maskiner.

Tags: Field: Biology, Structural Biology, field::chemistry, implemented-in::c, User Interface: Command Line, interface::graphical, interface::x11, Role: Program, Interface Toolkit: X library, X Window System: Application

Other Packages Related to gromacs

• dep: gromacs-data (= 2020.5-4) [alpha]

  GROMACS simulator for molekyldynamik - data og dokumentation

  dep: gromacs-data (= 2021.4-2) [hppa, m68k, sh4, x32]

  dep: gromacs-data (= 2023.1-2) [ia64]

  dep: gromacs-data (= 2024.1-1) [not alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.7) [hppa, m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not hppa, ia64, m68k, sh4]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [sparc64]

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libgromacs5 (>= 2020.5) [alpha]

  GROMACS-molekylære dynamiske simulator - delte biblioteker

• dep: libgromacs6 (>= 2021.4) [hppa, m68k, sh4, x32]

  GROMACS-molekylære dynamiske simulator - delte biblioteker

• dep: libgromacs8 (>= 2023.1) [ia64]

  GROMACS-molekylære dynamiske simulator - delte biblioteker

• dep: libgromacs9 (>= 2024.1) [not alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  GROMACS-molekylære dynamiske simulator - delte biblioteker

• dep: libopenmpi3 (>= 4.1.5) [ia64]

  Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - delt bibliotek

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [not alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - delt bibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 11) [not alpha]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: libx11-6 [alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

  X11 klientside bibliotek

• dep: sse4.2-support [amd64, x32]

  CPU-funktionskontrol - require SSE4.2

• rec: cpp

  GNU C-præprocessor (cpp)

• rec: mpi-default-bin [not alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

  MPI-kørselstidsprogrammer - metapakke

• sug: pymol

  System til molekylærgrafik

Download gromacs

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2020.5-4	146.5 kB	561.0 kB	[list of files]
amd64	2024.1-1+b1	59.5 kB	449.0 kB	[list of files]
arm64	2024.1-1+b1	60.8 kB	593.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	2021.4-2	148.0 kB	512.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2023.1-2	65.7 kB	552.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	2021.4-2	134.9 kB	554.0 kB	[list of files]
mips64el	2024.1-1+b1	59.8 kB	609.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	2024.1-1+b1	62.4 kB	593.0 kB	[list of files]
ppc64el	2024.1-1+b1	61.9 kB	593.0 kB	[list of files]
riscv64	2024.1-1+b1	65.3 kB	417.0 kB	[list of files]
s390x	2024.1-1+b1	57.7 kB	417.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	2021.4-2	158.4 kB	484.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	2024.1-1+b1	59.0 kB	4,189.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	2021.4-2	140.4 kB	514.0 kB	[list of files]