Package: gbrowse (2.56+dfsg-12)

[ Source: gbrowse  ]

GMOD Generic Genome Browser

Generic Genome Browser er en simpel men netbaseret arvemassebrowser, der kan konfigureres. Det er en komponent i Generic Model Organism Systems Database-projektet (GMOD). Nogle af dens funktioner:

 * Samtidig fugleperspektiv og detaljeret visning af arvemassen
 * Rul, zoom, centrer
 * Vedhæft arbitrære adresser til enhver annotation
 * Rækkefølge og fremtoning af spor kan tilpasses af administrator
   og slutbruger
 * Søg efter annotations-id, navn eller kommentar
 * Understøtter tredjepartsannotation med GFF-formater
 * Indstillinger fungerer på tværs af sessioner
 * DNA- og GFF-dump
 * Forbindelse til andre databaser, inklusive BioSQL og Chado
 * Understøttelse af flere sprog
 * Indlæsning af funktioner fra tredjepart
 * Udvidelsesmodularkitektur der kan tilpasses (f.eks. kør BLAST, dump
   og importer mange formater, find oligonucleotider, design primere, opret
   begrænsningskort, rediger funktioner).

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::perl, interface::web, Role: Program, Purpose: Analysing, use::viewing, web::application, World Wide Web: CGI

Other Packages Related to gbrowse

• dep: apache2

  Apache HTTP-server

  or httpd-cgi

  virtual package provided by apache2, lighttpd, merecat, mini-httpd, nginx, ocsigenserver, tntnet, yaws

• dep: bioperl

  Perlværktøjer til modellering af molekylær biologi

• dep: libbio-coordinate-perl

  BioPerl-moduler til arbejdet med biologiske koordinater

• dep: libbio-db-seqfeature-perl

  Normalized feature for use with Bio::DB::SeqFeature::Store

• dep: libbio-graphics-perl

  Opret GD-aftryk af Bio::Seq-objekter

• dep: libcgi-session-perl

  persistent session data in CGI applications

• dep: libdbd-sqlite3-perl

  Perl DBI-driver med en selvindeholdt RDBMS

• dep: libgd-gd2-noxpm-perl

  virtual package provided by libgd-perl

  or libgd-gd2-perl

  virtual package provided by libgd-perl

• dep: libhttp-daemon-perl

  Simpel http-serverklasse

• dep: libio-string-perl

  Emuler IO::File-grænseflade for in-core-strenge

• dep: libjs-prototype

  JavaScript Framework for dynamiske internetprogrammer

• dep: libjs-scriptaculous

  JavaScript-bibliotek for dynamiske internetprogrammer

• dep: libjson-perl

  modul for manipulering af JSON-formaterede data

• dep: libstatistics-descriptive-perl

  Perl module for basic descriptive statistical functions

• dep: libterm-readkey-perl

  Perlmodul for simpel terminalkontrol

• dep: libvm-ec2-perl

  module providing controls on Amazon EC2 and Eucalyptus

• dep: libwww-perl

  simpel og konsistent grænseflade til World Wide Web

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: sqlite3

  Kommandolinjebrugerflade for SQLite 3

• rec: apache2 (>= 2.4.6-4~)

  Apache HTTP-server

  or httpd

  virtual package provided by apache2, lighttpd, merecat, micro-httpd, mini-httpd, nginx, ocsigenserver, tntnet, webfs, yaws

• sug: gbrowse-calign

  CAlign-hjælpeprogram

• sug: gbrowse-data

  Eksempler på data til GBrowse

• sug: libfile-nfslock-perl

  perl module to do NFS (or not) locking

Download gbrowse

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	2,317.7 kB	7,017.0 kB	[list of files]