Package: fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-1 and others)

[ Source: fasta3  ]

Værktøjer til at søge i samlinger med biologiske sekvenser

FASTA-programmerne finder regioner med lokal eller global lighed mellem protein- og DNA-sekvenser, enten ved at søge i protein- og DNA-databaser, eller ved at identificere lokale dubletter i en sekvens. Andre programmer tilbyder information om den statistiske signifikans for en sammenligning. Som BLAST kan FASTE bruges til at udlede funktionelle og evolutionære relationer mellem sekvenser samt som hjælp til at identificere medlemmer af gen-familier.

 * Protein
   - Protein-protein FASTA
   - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch)
   - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch)
   - Global/Lokal protein-protein (glsearch)
   - Protein-protein med ikkeordnede peptider (fasts)
   - Protein-protein med blandede peptid-sekvenser (fastf)

 * Nukleotid
   - Nukleotid-Nukleotid (DNA/RNA fasta)
   - Ordnet Nukleotid vs Nukleotid (fastm)
   - Ikkeordnede Nukleotider vs Nukleotid (fasts)

 * Oversatte
   - Oversat DNA (med billedskift, f.e. EST'er)
     vs Proteiner (fastx/fasty)
   - Protein vs Oversat DNA (med billedskift)
     (tfastx/tfasty)
   - Peptider vs Oversat DNA (tfasts)

 * Statistisk signifikans
   - Protein vs Protein-blanding (prss)
   - DNA vs DNA-blanding (prss)
   - Oversat DNA vs Protein-blanding (prfx)

 * Lokale dubletter
   - Lokale Protein-sammenligninger (lalign)
   - Plot Protein-sammenligning »dot-plot« (plalign)
   - Lokale DNA-sammenligninger (lalign)
   - Plot DNA-sammenligning »dot-plot« (plalign)

Dette program bruges ofte via en internettjeneste på EBI med indekserede referencedatabaser på http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.

Other Packages Related to fasta3

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• rec: r-base-core

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• sug: bedtools

  Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner

• sug: libdbd-mysql-perl

  Perl5-databasegrænseflade til MariaDB/MySQL-databasen

• sug: libdbi-perl

  databasegrænseflade til Perl (DBI)

• sug: libhtml-tableextract-perl

  modul for udtrækning af indholdet i HTML-tabeller

• sug: libjson-perl

  modul for manipulering af JSON-formaterede data

• sug: liburi-encode-perl

  Perl module to encode and decode strings to URIs

• sug: libwww-perl

  simpel og konsistent grænseflade til World Wide Web

• sug: libxml-twig-perl

  Perlmodul for behandling af store XML-dokumenter i trætilstand

• sug: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• sug: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• sug: python3-mysqldb

  Pythongrænseflade for MySQL

Download fasta3

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	907.4 kB	7,534.0 kB	[list of files]
amd64	36.3.8i.14-Nov-2020-1	902.2 kB	6,970.0 kB	[list of files]
arm64	36.3.8i.14-Nov-2020-1	805.2 kB	6,702.0 kB	[list of files]
armel	36.3.8i.14-Nov-2020-1	807.9 kB	6,924.0 kB	[list of files]
armhf	36.3.8i.14-Nov-2020-1	771.9 kB	5,324.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	864.1 kB	6,245.0 kB	[list of files]
i386	36.3.8i.14-Nov-2020-1	853.3 kB	6,924.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	1,075.0 kB	11,899.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	755.2 kB	5,887.0 kB	[list of files]
mips64el	36.3.8i.14-Nov-2020-1	809.3 kB	6,742.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	872.1 kB	7,875.0 kB	[list of files]
ppc64el	36.3.8i.14-Nov-2020-1	884.6 kB	8,238.0 kB	[list of files]
riscv64	36.3.8i.14-Nov-2020-1+b1	1,005.6 kB	5,915.0 kB	[list of files]
s390x	36.3.8i.14-Nov-2020-1	826.1 kB	6,836.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	929.0 kB	6,336.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	895.1 kB	18,263.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	884.2 kB	6,748.0 kB	[list of files]