all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: ea-utils  ]

Package: ea-utils (1.1.2+dfsg-9 and others)

Links for ea-utils

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package ea-utils:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Værktøjer til kommandolinjen for behandling af biologiske sekvensdata

Ea-utils tilbyder et sæt af værktøjer til kommandolinjen for behandling af biologiske sekvensdata, stregkodedemultiplexing, adaptertrimming etc.

Primært skrevet for at understøtte en Ilumina-baseret datakanal - men bør fungere med enhver FASTQ.

De vigtigste værktøjer er:

 * fastq-mcf
Skanner en sekvensfil for adaptere og baseret på en logskaleret tærskel bestemmes et sæt af klippende parametre og klipningen udføres. Udfører også detektering af skævvridning og kvalitetfiltrering.
 * fast-multx
Demultiplexer en fastq. Kan automatisk bestemme stregjkode-id'er baseret på et mastersætfelt. Bevarer flere læsninger i synkronisering under demultiplexing. Kan også verificere at læsninger er synkrone og fejler hvis ikke.
 * fast-join
Svarer til audy' stitch-program, men i C, mere effektivt og understøtter nogle automatiske sammenligninger og indstillingsforbedringer. Den bruger den samme »kvadreret afstand til forankrede tilpasning« som andre værktøjer.
 * varcall
Tager en samling og beregner varianter på en mere parameteropbygget måde end andre værktøjer.

Other Packages Related to ea-utils

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download ea-utils

Download for all available architectures
Architecture Version Package Size Installed Size Files
alpha (unofficial port) 1.1.2+dfsg-9+b1 243.0 kB870.0 kB [list of files]
amd64 1.1.2+dfsg-9+b2 230.6 kB747.0 kB [list of files]
arm64 1.1.2+dfsg-9+b2 208.9 kB1,003.0 kB [list of files]
armel 1.1.2+dfsg-9+b2 208.8 kB996.0 kB [list of files]
armhf 1.1.2+dfsg-9+b2 205.7 kB740.0 kB [list of files]
hppa (unofficial port) 1.1.2+dfsg-9+b1 237.5 kB769.0 kB [list of files]
i386 1.1.2+dfsg-9+b2 242.5 kB760.0 kB [list of files]
ia64 (unofficial port) 1.1.2+dfsg-9+b1 300.4 kB1,332.0 kB [list of files]
m68k (unofficial port) 1.1.2+dfsg-9+b1 221.4 kB756.0 kB [list of files]
mips64el 1.1.2+dfsg-9+b2 229.8 kB1,094.0 kB [list of files]
ppc64 (unofficial port) 1.1.2+dfsg-9+b1 243.8 kB1,131.0 kB [list of files]
ppc64el 1.1.2+dfsg-9+b2 241.5 kB1,323.0 kB [list of files]
riscv64 (unofficial port) 1.1.2+dfsg-9+b2 217.4 kB617.0 kB [list of files]
s390x 1.1.2+dfsg-9+b2 212.0 kB747.0 kB [list of files]
sh4 (unofficial port) 1.1.2+dfsg-9+b1 262.8 kB703.0 kB [list of files]
sparc64 (unofficial port) 1.1.2+dfsg-9+b1 210.2 kB769.0 kB [list of files]
x32 (unofficial port) 1.1.2+dfsg-9+b1 229.9 kB736.0 kB [list of files]