Package: discosnp (1:2.6.2-3 and others)

[ Source: discosnp  ]

Find enkel nukleotidpolymorfisme fra rå læsning af sæt

Software discoSnp er designet til at opdage Single Nukleotid Polymorfi (SNP) fra rå læsning af sæt indhentet med Next Generation Sequencers (NGS).

Bemærk at antallet af læsesæt ikke er begrænset, det kan være en, to, eller mere. Bemærk også, at ingen andre oplysninger som reference arvemasse eller anmærkninger er nødvendige.

Programmet består af to moduler. Første modul, kissnp2, detekterer SNP'er fra læst sæt. Et andet modul, kissreads, forbedrer kissnp2- resultater ved at beregne per læst sæt og for hvert fundet SNP:

 1) dets middel læsedækning
 2) (Phred) kvaliteten af læsninger oprettet af polymorfismen.

Dette program efterfølges af DiscoSnp++.

Other Packages Related to discosnp

• dep: bc [m68k, sh4]

  GNU bc beregningssprog med arbitrær præcision

• dep: gatb-core [not m68k, sh4]

  Genomanalyseværktøjskasse med de-Bruijn-graf

• dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

  dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [not amd64, m68k, sh4]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not hppa, ia64, m68k, sh4]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

  Package not available

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Package not available

• dep: libhdf5-103-1 [hppa]

  HDF5 C-kørselstidsfiler - seriel version

• dep: libhdf5-103-1t64 [not hppa, m68k, sh4]

  HDF5 C-kørselstidsfiler - seriel version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not hppa, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: python [m68k, sh4]

  Package not available

• dep: python3 [not m68k, sh4]

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [m68k, sh4]

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.6) [not m68k, sh4]

Download discosnp

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1:2.6.2-3+b1	1,407.7 kB	3,063.0 kB	[list of files]
amd64	1:2.6.2-3+b1	1,421.7 kB	2,904.0 kB	[list of files]
arm64	1:2.6.2-3+b1	1,407.9 kB	3,060.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1:2.6.2-1	1,416.6 kB	2,789.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1:2.6.2-3+b1	1,435.4 kB	3,315.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.2.6-2	121.2 kB	299.0 kB	[list of files]
mips64el	1:2.6.2-3+b1	1,401.1 kB	3,121.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1:2.6.2-3+b1	1,425.6 kB	3,263.0 kB	[list of files]
ppc64el	1:2.6.2-3+b1	1,426.6 kB	3,124.0 kB	[list of files]
riscv64	1:2.6.2-3+b1	1,414.9 kB	2,772.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.2.6-2	148.7 kB	299.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1:2.6.2-3+b1	1,394.9 kB	7,048.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1:2.6.2-3+b1	1,405.4 kB	2,686.0 kB	[list of files]