Package: bamtools (2.5.2+dfsg-5)

[ Source: bamtools  ]

Værktøjssæt for manipulering af BAM-filer - sammenligning af arvemasser

BamTools faciliterer forskningsanalyse og datahåndtering med brug af BAM-filer. Værktøjet håndterer de enorme datamængder lavet af nuværende sekvensteknologier, som typisk lagres i komprimerede, binære formater, som ikke nemt håndteres af tekstbaserede fortolkere ofte brugt i forskning indenfor bioinformatik.

BamTools tilbyder både en C++-API for BAM-filunderstøttelse samt et værktøjssæt for kommandolinjen.

Dette er værktøjssættet til kommandolinjen for bamtools.

Tilgængelige kommandoer for bamtools:

 convert  Konverterer mellem BAM og et antal andre formater
 count    Udskriver antallet af sammenligninger i BAM-filer
 coverage Udskriver dækningsstatistik fra inddata-BAM-filen
 filter   Filtrerer BAM-filer efter kriterier angivet af brugeren
 header   Udskriver BAM-teksthovedinformation
 index    Opretter indeks for BAM-fil
 merge    Sammenføj flere BAM-filer til en enkel fil
 random   Vælg vilkårlige sammenligninger fra eksisterende BAM-filer,
          lavet mere som et testværktøj.
 resolve  Slår parret ende-læsninger op (markerer IsProperPair-flaget
          efter behov)
 revert   Fjerner duplikerede mærker og gendanner originale
          basiskvaliteter
 sort     Sorterer BAM-filen jævnfør nogle kriterier
 split    Deler en BAM-fil på brugerangivne egenskab, opretter en ny
          BAM-uddatafil for hver fundet værdi
 stats    Udskriver lidt grundlæggende statistik fra inddata-BAM-filer

Tags: Implemented in: C++, Role: Program

Other Packages Related to bamtools

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  Dynamisk bibliotek til at manipulere BAM-filer (genomsammenligning)

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libjsoncpp25 (>= 1.9.5)

  Bibliotek til at læse og skrive JSON for C++

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

Download bamtools

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	173.2 kB	728.0 kB	[list of files]
amd64	201.6 kB	670.0 kB	[list of files]
arm64	166.1 kB	598.0 kB	[list of files]
armel	163.6 kB	557.0 kB	[list of files]
armhf	170.5 kB	421.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	179.5 kB	585.0 kB	[list of files]
i386	210.5 kB	697.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	229.8 kB	1,188.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	156.5 kB	589.0 kB	[list of files]
mips64el	157.0 kB	754.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	187.8 kB	790.0 kB	[list of files]
ppc64el	190.1 kB	726.0 kB	[list of files]
riscv64	184.1 kB	482.0 kB	[list of files]
s390x	186.7 kB	646.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	192.3 kB	534.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	151.4 kB	1,052.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	195.7 kB	625.0 kB	[list of files]