Package: alien-hunter (1.7-10)

[ Source: alien-hunter  ]

Interpolated Variable Order Motifs til identificering af vandret indsamlede DNA

Alien_hunter er et program til forudsigelse af begivenheder af formodede Horisontal Gentransfer (HGT) med implementeringen af Interpolated Variable Order Motifs (IVOMs). En IVOM-tilgang udnytter kompositionelle tilbøjelighed med brug af variable »order motif«-distributioner og indfanger mere pålideligt den lokale komposition af en sekvens, sammenlignet med »fixed-order«-metoder. Alternativt kan forudsigelserne fortolkes til 2. tilstands, 2. orden Hidden Markov Model (HMM), i et change-point detekteringsrammeværk, for at optimiere lokaliseringen af grænserne for de forudsagte regioner. Forudsigelserne (embl-format) kan indlæses i Artemis genom-viser automatisk, der er frit tilgængelig på: http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

Tags: Field: Biology, Structural Biology, Implemented in: implemented-in::java, implemented-in::perl, User Interface: Command Line, Role: role::program, scope::utility, Purpose: Analysing

Other Packages Related to alien-hunter

• dep: libbiojava-java (>= 1:1.9.5+dfsg)

  Java-API til biologiske data og programmer - standardversion

• dep: libbytecode-java

  Java bytecode manipulation library

• dep: libcommons-cli-java

  Fortolkningsbibliotek argumenter og indstillinger på kommandolinjen

• dep: libcommons-collections3-java

  Apache Commons Collections - Extended Collections API for Java

• dep: libcommons-dbcp-java

  Database Connection Pooling-tjenester

• dep: libcommons-pool-java

  Pooling-implementering for Javaobjekter

• sug: bioperl

  Perlværktøjer til modellering af molekylær biologi

Download alien-hunter

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	27.8 kB	113.0 kB	[list of files]