all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: abacas  ]

Package: abacas (1.3.1-9)

Links for abacas

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package abacas:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Luk huller i genomsammenligninger fra korte læsninger

ABACAS (Algorithm Based Automatic Contiguation of Assembled Sequences) er lavet for hurtig at få kontakt (juster, rækkefølge, orienter), visualisere og designe primere til at lukke gab på shotgun-sammensatte »contig«'er baseret på en referencesekvens.

ABACAS bruger MUMmer til at finde justeringspositioner og identificere syntenier af samlede contig'er mod referencen. Resultatet behandles så for at oprette et pseudomolekyle, der tager højde for overlappende contig'er og gap. ABACAS opretter en sammenligningsfil, som kan bruges til at visualisere ordnede og orienterede contig'er i ACT. Synteni er repræsenteret af røde bjælker, hvor farveintensiteten formindsker med lavere værdier procentidentitet mellem sammenlignelige blokke. Information om contig'er såsom orienteringen, procentidentitet, dækning og overlapning med andre contig'er kan også visualiseres ved at indlæse resultatfunktionsfil på ACT.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::perl, interface::commandline, User Interface: Text-based Interactive, Role: role::program, scope::utility

Other Packages Related to abacas

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download abacas

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
all 24.1 kB109.0 kB [list of files]