Package: mauve-aligner (2.4.0+4736-6)

[ Source: mauve-aligner  ]

Sammenligning af flere genomer

Mauve er et system til effektiv konstruering af sammenligning af flere genomer ved tilstedeværelsen af evolutionære hændelser i stor skala såsom omlejring og inversion. Flere arvemassesammenligninger tilbyder et grundlag for forskning i komparative genomforskning og studiet af evolutionære dynamikker. Sammenligning af hele genomer er et fundamentalt anderledes problem end sammenligning af korte sekvenser.

Mauve er blevet udviklet med den ide at sammenligning af flere genomer alene bør kræve moderate beregningsressourcer. Den anvender algoritmiske teknikker, som skalerer godt i mængden af sekvenser som sammenlignes. For eksempel kan Y. pestis-genomer sammenlignes på under et minut, mens en gruppe af 9 forskellige enterobakterielle genomer kan sammenlignes på nogle få timer.

Mauve beregner visualiserer interaktive genomsekvenssammenligninger. Via brug af FastA- eller GenBank-sekvensdata konstruerer Mauve flere genomsammenligninger som identificerer storskala omlejring, genforstærkning, gentab, indels og nukleotid erstatning.

Mauve udvikles på Wisconsins universitet.

Other Packages Related to mauve-aligner

• dep: java-wrappers

  Omslag for kørbare filer for java

• dep: libbiojava-java (>= 1:1.9.5+dfsg-1)

  Java-API til biologiske data og programmer - standardversion

• dep: libbiojava1.9-java

  Java API to biological data and applications (version 1.9)

• dep: libcommons-cli-java

  Fortolkningsbibliotek argumenter og indstillinger på kommandolinjen

• dep: libdbus-java

  simple interprocess messaging system (Java implementation)

• dep: libunixsocket-java

  Unix-sokkel-API og bindinger for Java

• dep: libzeus-jscl-java

  Zeus Java Swing-komponentbibliotek

• dep: progressivemauve

  Sammenligningsalgoritmer for flere genomer

Download mauve-aligner

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	477.8 kB	544.0 kB	[list of files]