all options
jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Source: idba  ]

Package: idba (1.1.3-3)

Links for idba

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package idba:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Iterativ De Bruijn Graph De Novo-kortlæserassemblere

IDBA står for iterative de Bruijn-grafassembler. I beregningssekvensbiologi så løser en assembler puslespillet fra store sekvensmaskiner, som har mange gigabyte med korte læsninger fra et stort genom.

Denne pakke tilbyder flere varianter af IDBA-assembleren, da de alle deler det samme kildetræ men har forskellige formål og udvikler sig over tid.

IDBA er den grundlæggende iterativ de Bruijn-grafassembler for anden generations sekvenslæsninger. IDBA-UD, en udvidelse af IDBA, er designet til at udnytte parret-slut-læsninger til at samle regioner på lav dybde og bruge progressiv dybde på config'er til at reducere fejl i regioner med høj dybde. Det er en generisk formålsassembler og specielt god til enkel-celle og metagenomiske sekvensdata. IDBA-Hybrid er en anden opdateret version af IDBA-UD, som kan gør brug af et lignende referencegenmom til at forbedre assembly-resultat. IDBA-Tran er en iterativ de Bruijn-grafassembler for RNA-seq-data.

Other Packages Related to idba

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download idba

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
alpha (unofficial port) 385.1 kB2,951.0 kB [list of files]
amd64 371.8 kB2,571.0 kB [list of files]
arm64 333.1 kB2,191.0 kB [list of files]
armel 319.3 kB2,199.0 kB [list of files]
armhf 329.5 kB1,575.0 kB [list of files]
hppa (unofficial port) 413.8 kB2,863.0 kB [list of files]
hurd-i386 419.7 kB2,823.0 kB [list of files]
i386 417.7 kB2,831.0 kB [list of files]
kfreebsd-amd64 371.1 kB2,559.0 kB [list of files]
kfreebsd-i386 419.9 kB2,819.0 kB [list of files]
mips 390.8 kB3,238.0 kB [list of files]
mips64el 387.0 kB3,212.0 kB [list of files]
mipsel 402.8 kB3,242.0 kB [list of files]
ppc64 (unofficial port) 380.2 kB3,227.0 kB [list of files]
ppc64el 381.4 kB3,035.0 kB [list of files]
riscv64 (unofficial port) 370.8 kB1,863.0 kB [list of files]
s390x 332.9 kB2,703.0 kB [list of files]
sparc64 (unofficial port) 309.3 kB2,355.0 kB [list of files]
x32 (unofficial port) 361.4 kB2,319.0 kB [list of files]