all options
jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  bullseye  ] [  sid  ]
[ Source: hhsuite  ]

Package: hhsuite (3.2.0-2)

Links for hhsuite

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package hhsuite:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på HMM-HMM-sammenligning

HH-suite er en programpakke, udviklet i åben kildekode, for sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på parvis sammenligning af skjulte Markov-modeller (HMM'er).

Denne pakke indeholder HHsearch og HHblits blandt andre programmer og redskaber.

HHsearch bruger som inddata flere sekvenssammenligninger (MSA) eller profil-HMM og søger i en database med HMM'er (f.eks. PDB, Pfam eller InterPro) for homologe proteriner. HHserarch bruges ofte for proteinstrukturforudsigelse til at detektere homologe skabeloner og til at bygge meget præcise forespørgsels-skabelon parvise sammenligninger for homolog modellering.

HHblits kan bygge højkvalitets MSA'er der starter fra enkelte sekvenser eller fra MSA'er. Den transformerer disse til en forspørgsels-HMM og via en iterativ søgningsstrategi tilføjes signifikant lignende sekvenser fra den forrige søgning til den opdaterede forespørgsels-HMM for den næste søgeiteration. Sammenlignet med PSI-BLAST er HHblits hurtigere, op til dobbelt så sensitiv og programmet laver mere præcise sammenligninger.

Other Packages Related to hhsuite

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download hhsuite

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
amd64 10,157.1 kB76,609.0 kB [list of files]