Package: gubbins (3.4-2 and others)

[ Source: gubbins  ]

Fylogenetisk analyse af genomsekenser

Gubbins understøtter hurtig fylogenetisk analyse af store prøver af rekombinante bakterielle hele genomsekvenser.

Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) er en algoritme, der iterativt identificerer loci indeholdende forhøjede tætheder af basesubstitutioner, mens der samtidigt konstrueres en fylogeni baseret på de formodede punktmutationer uden for disse regioner. Simuleringer der påviser algoritmen frembringer meget præcise rekonstruktioner under realistiske modeller af kortsigtet bakteriel evolution, og kan køres i kun et par timer på justeringer af hundreder af bakterielle genomsekvenser.

Other Packages Related to gubbins

• dep: fasttree [not amd64, i386]

  Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [m68k, ppc64]

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, i386]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library - Python 3

• dep: python3-multiprocess [amd64, i386]

  better multiprocessing and multithreading in Python

• dep: python3-nose [not amd64, i386]

  Package not available

• dep: python3-numpy [amd64, i386]

  Pythonbibliotek til numeriske beregninger - Python 3

• dep: python3-pkg-resources [amd64, i386]

  Pakkesøgning og ressourceadgang med brug af pkg_resources

• dep: python3-reportlab [not amd64, i386]

  ReportLab-bibliotek til at oprette PDF-dokumenter der bruger Python 3

• dep: python3-scipy [amd64, i386]

  Videnskabelige værktøjer for Python 3

• dep: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood for pylogenetiske træer

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: fasttree

  Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser

• rec: iqtree

  Effektivt fylogenetisk program ved maksimal sandsynlighed

• sug: r-base-core

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

Download gubbins

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.3.5-1	53.5 kB	201.0 kB	[list of files]
amd64	3.4-2	93.0 kB	483.0 kB	[list of files]
i386	3.4-2	93.7 kB	486.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	2.3.5-1	46.0 kB	174.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	2.3.5-1	55.4 kB	312.0 kB	[list of files]
riscv64 (unofficial port)	2.3.5-1	48.1 kB	168.0 kB	[list of files]