all options
jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Source: fasttree  ]

Package: fasttree (2.1.10-2)

Links for fasttree

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package fasttree:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser

FastTree udleder cirka-maksimum-likelihood fylogenetiske træer fra  opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser. Den håndterer opstillinger med op til en million sekvenser på rimelig tid og brug af hukommelse. For store justeringer er FastTree 100-1000 gange hurtigere end PhyML 3.0 eller RAxML 7.

FastTree er mere præcis end PhyML 3 med standardindstillinger, og meget mere præcis end afstands-matrix metoder, der traditionelt anvendes til store justeringer. FastTree bruger Jukes-Cantor eller generaliseret  tid-reversible (GTR) modeller af nukleotid-evolution og JTT (Jones- Taylor-Thornton 1992) modelaminosyreevolution. For at tage højde for de varierende satser evolution på tværs af steder, bruger FastTree en enkelt sats for hvert sted (»CAT«-tilnærmelsen). Hvis du hurtigt vil estimere pålideligheden af hver splittelse i træet, FastTree beregner lokal støtteværdier med Shimodaira-Hasegawa-test (disse er de samme som PhyML 3s »SH-lignende lokale understøtninger«).

Denne pakke indeholder en enkelt gevindudførelse (fasttree) og en parallel udgave, som bruger OpenMP (fasttreMP).

Other Packages Related to fasttree

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download fasttree

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
alpha (unofficial port) 171.3 kB515.0 kB [list of files]
amd64 171.8 kB469.0 kB [list of files]
arm64 163.6 kB457.0 kB [list of files]
armel 168.6 kB489.0 kB [list of files]
armhf 159.9 kB373.0 kB [list of files]
hppa (unofficial port) 165.1 kB455.0 kB [list of files]
i386 172.6 kB501.0 kB [list of files]
m68k (unofficial port) 159.1 kB457.0 kB [list of files]
mips 167.1 kB499.0 kB [list of files]
mips64el 168.9 kB519.0 kB [list of files]
mipsel 169.3 kB499.0 kB [list of files]
powerpcspe (unofficial port) 165.1 kB505.0 kB [list of files]
ppc64 (unofficial port) 177.0 kB635.0 kB [list of files]
ppc64el 176.9 kB635.0 kB [list of files]
riscv64 (unofficial port) 163.5 kB379.0 kB [list of files]
s390x 160.9 kB477.0 kB [list of files]
sh4 (unofficial port) 182.0 kB429.0 kB [list of files]
sparc64 (unofficial port) 159.4 kB477.0 kB [list of files]
x32 (unofficial port) 170.1 kB453.0 kB [list of files]