Package: bioperl-run (1.7.3-10)

[ Source: bioperl-run  ]

BioPerl-omslag: skripter

Indeholder skripter fra pakken BioPerl-Run. Denne pakke vil også installere alle programmer pakket i Debian som kan have omslag. Dem som ikke er frie »foreslås« af denne pakke.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::perl, interface::commandline, Role: Program

Other Packages Related to bioperl-run

• dep: bioperl (>= 1.7.4)

  Perlværktøjer til modellering af molekylær biologi

• dep: default-jdk-headless

  Standard Java or Java compatible Development Kit (headless)

• dep: libbio-cluster-perl

  BioPerl-klyngemoduler

• dep: libbio-eutilities-perl

  BioPerl-grænseflade til Entrez Programming Utilities - E-utilities

• dep: libbio-featureio-perl

  Moduler til at læse, skrive og manipulere sekvensfunktioner

• dep: libbio-perl-run-perl (= 1.7.3-10)

  BioPerl-omslag - moduler

• dep: libbio-tools-run-remoteblast-perl

  Objekt for ekstern afvikling af NCBI Blast via HTTP

• dep: libsoap-lite-perl

  Perlimplementering af en SOAP-klient og -server

• dep: libtest-requiresinternet-perl

  module to easily test network connectivity

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• rec: amap-align

  Proteinflerjustering af sekvensudglødning

• rec: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)

• rec: emboss

  Programpakke til europæisk molekylærbiologi

• rec: exonerate

  generisk værktøj til parvis sekvenssammenligning

• rec: hmmer

  Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse

• rec: infernal

  Logisk slutning for RNA-sekundære struktursammenligninger

• rec: kalign

  Global og progressiv flersekvensjustering

• rec: lagan

  Parameteropsat parvist og globalt sammenligningsprogram for genomsekvenser

• rec: mafft

  Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser

• rec: maq

  kortlægger korte, fast-længde, polymorfiske DNA-sekvenslæsninger til reference-sekvenser

• rec: muscle

  Flerjusteringsprogram for proteinsekvenser

• rec: ncbi-blast+-legacy

  NCBI Blast-forældet kaldskript

• rec: ncoils

  Coiled coil - sekundær strukturforudsigelse

• rec: pal2nal

  Konverterer proteiner til genomisk DNA-sammenligning

• rec: phylip

  Programpakke for udledning af fylogenier

• rec: primer3

  Værktøj til at designe flankerende, oligo-nukleotider til DNA-amplifikation

• rec: probalign

  Multiple sekvensjustering med brug partitionsfunktionel posteriore sandsynligheder

• rec: probcons

  flersekvens-sammenstilling baseret på probabilistisk konsistens (PROBabilistic CONSistency)

• rec: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood for pylogenetiske træer

• rec: sim4

  Værktøj for justering af cDNA og genomisk DNA

• rec: t-coffee

  Flersekvensjustering

• rec: tigr-glimmer

  Gen-detektion i arkæer og bakterier

• rec: wise

  Sammenligning af bioplymerer, såsom DNA- og protein-sekvenser

• sug: bedtools

  Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner

• sug: bowtie

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

• sug: clustalw

  Global nukleotid eller peptid sekvensjustering

• sug: fasta3

  Værktøjer til at søge i samlinger med biologiske sekvenser

• sug: gmap

  Opdelt og SNP-overholdende justering for mRNA og korte læsninger

• sug: hyphy-pt

  Hypotesetest ved hjælp af fylogenier - pthreads-version

  or hyphy-mpi

  Hypotesetest ved hjælp af fylogenier - MPI-version

• sug: libbio-tools-run-alignment-clustalw-perl

  Bioperl-grænseflade til Clustal W

• sug: pftools

  Byg og søg protein- og DNA-generaliserede profiler

• sug: phyml

  Fylogenisk estimering der bruger maksimum lIkelihood

• sug: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• sug: trnascan-se

  detection of transfer RNA genes in genomic sequence

Download bioperl-run

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	35.1 kB	89.0 kB	[list of files]