Package: bio-eagle (2.4.1-3 and others)

[ Source: bio-eagle  ]

Haplotype-udfasning inden for en genotypekohorte eller ved hjælp af et trinvist henvisningspanel

Eagle anslår haplotypefase enten inden for en genotypekohorte eller ved hjælp af et gradvist referencefelt. Den grundlæggende ide i Eagle1-algoritmen er at udnytte identitet-efter-afstamning blandt fjerne slægtninge - som er udbredt til meget store prøvestørrelser, men sjælden blandt mindre antal prøver - til hurtig kaldfase ved anvendelse af en hurtig bedømmelsestilgang. I modsætning hertil analyserer Eagle2-algoritmen en fuld probabilistisk model, der svarer til den diploide Li-Stephens-model, der anvendes af tidligere HMM-baserede metoder.

Bemærk venligst: Den kørbare fil blev omdøbt til bio-eagle på grund af navnesammenfald. Læs mere om dette i /usr/share/doc/bio-eagle/README.Debian.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Purpose: Analysing

Other Packages Related to bio-eagle

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  Bibliotek for Boost.Iostreams

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libopenblas0

  Optimeret BLAS-bibliotek (lineær algebra) - meta

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• rec: med-config (>= 2.1)

  Debian Med - generel konfigurationspakke

• sug: bio-eagle-examples

  Eksempler for bio-eagle

Download bio-eagle

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.4.1-3+b3	227.5 kB	654.0 kB	[list of files]
i386	2.4.1-3+b3	253.1 kB	697.0 kB	[list of files]