Package: wise (2.4.1-21)

[ Source: wise  ]

Sammenligning af bioplymerer, såsom DNA- og protein-sekvenser

Wise2 er en pakke fokuseret på sammenligninger mellem biopolymerer, fælles DNA- og protein-sekvenser. Der er mange andre pakker som gør dette, de nok bedst kendt er pakken BLAST (fra NCBI) og pakken Fasta (fra Bill Pearson). Der er andre pakker, såsom pakken HMMER (Sean Eddy) eller pakken SAM (UC Santa Cruz) som er fokuseret på skjulte Markov-modeller (HMMs) for biopolymerer.

Den særlige styrke ved Wise2 er sammenligningen af DNA-sekvens på niveau med dets protein-oversættelse. Denne sammenligning tillader den simultane forudsigelse af eksempelvis genstrukturer med homologi-baserede justeringer.

Wise2 indholder også algoritmer, såsom den hæderkronede Smith-Waterman- algoritme, eller mere moderne af slagsen såsom Stephen Altschuls »generalised gap penalties«, eller endda eksperimentelle slags som er udviklet internt, såsom dba. Udviklingen af disse algoritmer skyldes den lethed som udvikling af sådanne algoritmer opnår i det miljø som Wise2 anvender.

Wise2 er også blevet skrevet med et øje for genbrug og vedligehold. Selv om det er en pakke i ren C, så kan du tilgå dets funktionalitet direkte med Perl. Dele af pakken (eller hele pakken) kan anvendes af andre programmer i C eller C++ uden navnerum-konflikter, da alle eksternt kædede variabler har unikke identifikatorer med Wise2 angivet i starten.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with::TODO

Other Packages Related to wise

• dep: libc6 (>= 2.23)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libglib2.0-0 (>= 2.12.0)

  GLib-bibliotek for C-rutiner

• dep: wise-data (= 2.4.1-21)

  Datafiler for pakken wise

• sug: wise-doc (= 2.4.1-21)

  dokumentation for pakken wise

Download wise

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	955.3 kB	9,665.0 kB	[list of files]
arm64	939.2 kB	9,275.0 kB	[list of files]
armhf	765.4 kB	6,020.0 kB	[list of files]
i386	1,053.4 kB	10,833.0 kB	[list of files]