Package: topp (2.4.0-real-1)

[ Source: openms  ]

Sæt af programmer der implementerer OpenMS Proteomic Pipeline

TOPP (the OpenMS proteomic pipeline) er en datakanal for analyse af HPLC/MS-data. Programmet består af et sæt af mange små programmer, som kan kædes sammen for at oprette analysedatakanaler skræddersyet for et specifik problem. Programmerne gør brug af biblioteket libopenms. Nogle eksempler på disse programmer er:

 - TOPPView: En fremviser for massespektrometri-data.
 - TOPPAS: En assistent for grafisk brugerflade-drevne TOPP-
           arbejdsforløbdesign.
 - DTAExtractor: Udtrækker spektra for en MS-kørselsfil til flere
                 filer i DTA-format.
 - FileConverter: Konverterer mellem forskellige MS-filformater.
 - FileFilter: Udtrækker eller manipulerer dele af data fra peak-,
   feature- eller consensus feature-filer.
 - SpectraMerger - Sammenføjer spectra fra et LC/MS-kort, enten
                   efter precursor eller efter RT-blokke.
 - BaselineFilter - Fjerner basislinjen fra profilspectra med brug
                    af et top-hat-filter.
 - InternalCalibration: Anvender en intern kalibrering.
 - PTModel: Træner en model for forudsigelse af proteotypic
            peptider fra et træningssæt.
 - RTPredict: Forudser retentiontider for peptider med en model
              trænet af RTModel.
 - ExecutePipeline: Kør arbejdsforløb oprettet med TOPPAS.

Tags: Interface Toolkit: Qt

Other Packages Related to topp

• dep: coinor-libcbc3

  Coin-or branch-and-cut-blandet heltalsprogrammeringsløser - delte biblioteker

• dep: coinor-libcgl1

  COIN-OR Cut Generation-bibliotek

• dep: coinor-libclp1

  Coin-or lineær programmeringsløser - delte biblioteker

• dep: coinor-libcoinutils3v5

  Coin-or-samling af redskabsklasser - binære filer og biblioteker

• dep: coinor-libosi1v5

  COIN-OR Open Solver Interface

• dep: libboost-date-time1.67.0

  sæt af dato-tid biblioteker baseret på generiske programmeringskoncepter

• dep: libboost-iostreams1.67.0

  Bibliotek for Boost.Iostreams

• dep: libboost-math1.67.0

  Boost.Math Library

• dep: libboost-regex1.67.0 (>= 1.67.0-10)

  Regulært udtryksbibliotek for C++

• dep: libbz2-1.0

  højkvalitets bloksorteringsfilpakningsbibliotek - kørselstid

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [i386]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libglpk40 (>= 4.59)

  lineært programmeringssæt med heltalsunderstøttelse (MIP)

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libopenms2.4.0 (= 2.4.0-real-1)

  Bibliotek for LC/MS-datahåndtering og analyse - kørselstid

• dep: libqt5core5a (>= 5.11.0~rc1) [not arm64]

  Qt 5 - basismodul

  dep: libqt5core5a (>= 5.7.0) [arm64]

• dep: libqt5gui5 (>= 5.8.0)

  Qt 5 GUI-modul

• dep: libqt5network5 (>= 5.7.0)

  Qt 5 - netværksmodul

• dep: libqt5svg5 (>= 5.6.0~beta)

  Qt 5 SVG-modul

• dep: libqt5widgets5 (>= 5.7.0)

  Qt 5 - kontrolmodul

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  Delt bibliotek til SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libsvm3

  biblioteksimplementering der understøtter vektormaskiner

• dep: libwildmagic5 (>= 5.13)

  libraries for mathematics, physics, numerical methods - runtime

• dep: libxerces-c3.2

  validating XML parser library for C++

• dep: openms-common (= 2.4.0-real-1)

  Pakke for LC/MS-datahåndtering og -analyse - delte data

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• sug: openms-doc

  Pakke for LC/MS-datahåndtering og analyse - dokumentation

Download topp

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2,656.4 kB	15,117.0 kB	[list of files]
arm64	2,362.2 kB	13,689.0 kB	[list of files]
i386	2,809.1 kB	15,051.0 kB	[list of files]