Package: tnseq-transit (2.3.4-1)

[ Source: tnseq-transit  ]

Statistiske beregninger af væsentlighed for gener eller genomregioner

Dette er et program, som kan bruges til at analysere Tn-Seq-datasæt. Det inkluderer diverse statistiske beregninger af væsentlighed for gener eller genomregioner (inklusive betinget væsentlighed mellem to betingelser). Disse metoder blev udviklet og testet i et samarbejde mellem Sassetti lab (UMass) og Ioerger lab (Texas A&M).

TRANSIT kan analysere TnSeq-biblioteker konstrueret med Himarl- eller Tn5-datasæt.

TRANSIT antager, at du allerede har udført forbrænding af rå sekvensfiler (.fastq) og udtrukket læs-antal i en .wig-formateret fil. .wig-filen skal indeholde antallet på alle sider, hvor en indsættelse kan udføres (inklusive sider uden nogen læsninger). For himarl-datasæt er det alle TA-sider i genomet. For Tn5-datasæt vil det være alle nukleotider i genomet.

Other Packages Related to tnseq-transit

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)

• dep: python

  Interaktivt objektorienteret sprog på højt niveau - Python 2-version

• dep: python-matplotlib

  Pythonbaseret plotsystem i en stil der ligner Matlab

• dep: python-numpy

  Numerisk Python tilføjer en hurtig vektor-/array-facilitet til Pythonsproget

• dep: python-pil

  Python Imaging Library - Pillow-forgrening

• dep: python-pkg-resources

  Pakkesøgning og ressourceadgang med brug af pkg_resources

• dep: python-scipy

  Videnskabelige værktøjer for Python

• dep: python-wxgtk3.0

  wxWidgets C++ grafisk brugerfladeværktøjssæt for flere platforme - Pythongrænseflade

Download tnseq-transit

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	5,915.6 kB	35,976.0 kB	[list of files]