Package: mafft (7.407-2)

[ Source: mafft  ]

Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser

MAFFT er et program til justering af flere sekvenser, der tilbyder tre præcisionsorienterede metoder:

  * L-INS-i (nok mest præcis, anbefales for <200 sekvenser;
    iterativ raffineringsmetode som indarbejder information om lokal
    parvis justering),
  * G-INS-i (egnet til sekvenser af samme længder; anbefales til
    <200 sekvenser; iterativ raffineringsmetode til at indarbejde
    information om den globalt parvise justering),
  * E-INS-i (egnet til sekvenser, der indeholder store regioner som ikke
    kan justeres; anbefales til <200 sekvenser),

og fem hastigheds-orienterede metoder:

  * FFT-NS-i (iterativ raffineringsmetode; blot to cyklusser),
  * FFT-NS-i (iterativ raffineringmetode; maks. 1000 gentagelser),
  * FFT-NS-2 (hurtig; progressiv metode),
  * FFT-NS-1 (meget hurtig; anbefales til >2000 sekvenser; progressiv
    metode med en groft vejledende træ),
  * NW-NS-PartTree-1 (anbefales til ~50.000 sekvenser; progressiv
    metoden med PartTree-algoritmen).

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext, Works with: Biological Sequence

Other Packages Related to mafft

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [armhf, i386]

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• rec: blast2

  Tom overgangspakke for ncbi-blast+-legacy

• rec: libwww-perl

  simpel og konsistent grænseflade til World Wide Web

• rec: lynx

  Klassik internetbrowser i teksttilstand

• rec: ruby

  Fortolker af det objektorienterede skriptsprog Ruby - standardversion

• enh: t-coffee

  Flersekvensjustering

Download mafft

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	976.0 kB	10,852.0 kB	[list of files]
arm64	852.7 kB	9,972.0 kB	[list of files]
armhf	700.1 kB	7,144.0 kB	[list of files]
i386	886.3 kB	11,784.0 kB	[list of files]