Maximum likelihood-nedarvet aminosyresekvensgenopbygning
FastML er et bioinformatikværktøj til genopbygning af nedarvede sekvenser
baseret på de fylogenetiske relationer mellem homologe sekvenser. FastML
driver flere algoritmer, der rekonstruerer de nedarvede sekvenser med vægt
på en nøjagtig rekonstruktion af både indels og tegn. For
tegnrekonstruktion anvendes den tidligere beskrevne FastML-algoritme til
effektivt at udlede de mest sandsynlige nedarvede sekvenser for hver intern
knude i træet. Både fælles og marginale rekonstruktioner leveres. For
indels genopbygning er sekvenser først kodet i henhold til Indelhændelser
detekteret inden i flere sekvensjusteringer (MSA) og derefter anvendes en
moderne sandsynlighedsmodel til at rekonstruere nedarvede indels-tilstande.
Resultaterne er de mest sandsynlige sekvenser sammen med
posterior-sandsynlighederne for hvert tegn og indel ved hver
sekvensposition for hver intern knude i træet. FastML er generisk og er
gældende for enhver form for molekylære sekvenser (nucleotid-, protein-
eller codon-sekvenser).
