Package: centrifuge (1.0.3-2)

[ Source: centrifuge  ]

Hurtigt og hukommelseseffektivt system til klassifikation af DNA-sekvenser

Centrifuge er et meget hurtigt og hukommelseseffektivt system for klassifikation af DNA-sekvenser fra mikrobielle prøver, med bedre sensitivitet end og sammenlignelig præcision til andre ledende systemer. Systemet bruger et nyt indekseringsskema baseret på Burrows-Wheeler transform (BWT) og Ferragina-Manzini-indeks (FM), optimeret specifikt for det metagenomiske klassifikationsproblem. Centrifuge kræver et relativt lille indeks (f.eks. 4.3 GB for ~4,100 bakteriegenomer) men tilbyder meget hurtig klassifikationshastighed, så programmet kan behandle en typisk DNA-sekvenskørsel på en time. Sammen aktiverer disse fremskridt en præcis analyse af store metagenomiske datasæt på konventionelle skrivebordscomputere.

Other Packages Related to centrifuge

• dep: hisat2

  Grafbaseret sammenligning af korte nukleoide læsninger for mange genomer

• dep: jellyfish

  Tæl k-mers i DNA-sekvenser

• dep: libc6 (>= 2.14)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python

  Interaktivt objektorienteret sprog på højt niveau - Python 2-version

Download centrifuge

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	518.4 kB	1,650.0 kB	[list of files]