Package: augustus (3.3.2+dfsg-2)

[ Source: augustus  ]

Genforudsigelse i eukaryote genomer

AUGUSTUS er et program til genforudsigelse i eukaryote genomsekvenser, som er baseret på en generel skjult Markovmodel (HMM), en probabilistisk model af en sekvens og dens genstruktur. Efter at have lært genstrukturer fra en referenceanmærkning, bruger AUGUSTUS HMM til at genkende gener i en ny sekvens og anmærke dem med regioner af identificerede gener. Eksterne fif, f.eks. fra RNA-sekventering, EST eller proteinsammenligninger etc. kan bruges til at guide og forbedre genkonstateringsprocessen. Resultatet er det sæt af mest sandsynlige genstrukturer, der opfylder alle givne brugerbegrænsninger, hvis sådanne genstrukturer findes. AUGUSTUS indeholder allerede præbyggede HMM'er til mange arter, såvel som skripter til at træne brugerdefinerede modeller ved hjælp af kommenterede genomer.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Science: science::calculation, scope::utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to augustus

• dep: augustus-data

  Datafiler for AUGUSTUS

• dep: libbamtools2.5.1

  Dynamisk bibliotek til at manipulere BAM-filer (genomsammenligning)

• dep: libbz2-1.0

  højkvalitets bloksorteringsfilpakningsbibliotek - kørselstid

• dep: libc6 (>= 2.15) [not arm64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

• dep: libcurl3-nss (>= 7.23.1)

  nemt at bruge adresseoverførelsesbibliotek for klientsiden (NSS-variant)

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.5) [arm64]

• dep: libhts2 (>= 1.0)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809)

  Kompressionsbibliotek for XZ-formatet

• dep: libncurses6 (>= 6)

  delte biblioteker til terminalhåndtering

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0)

  Secure Sockets Layer-værktøjssæt - delte biblioteker

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  delt terminfo-bibliotek på lavt niveau for terminalhåndtering

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download augustus

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,134.7 kB	4,787.0 kB	[list of files]
arm64	992.1 kB	4,349.0 kB	[list of files]
armhf	952.2 kB	3,255.0 kB	[list of files]