Package: art-nextgen-simulation-tools (20160605+dfsg-3)

[ Source: art-nextgen-simulation-tools  ]

Simuleringsværktøjer til at oprette syntetiske næstegenerationssekventeringslæsninger

ART er et sæt af simuleringsværktøjer til at oprette syntetiske næstegenerationssekventeringslæsninger. ART simulerer sekventeringslæsninger ved at efterligne virkelige sekventeringsprocesser med empiriske fejlmodeller eller kvalitetsprofiler opsummeret fra store justerede sekventeringsdata. ART kan også simulere læsninger via en brugerejet læsefejlmodel eller kvalitetsprofiler. ART understøtter simulering af single-end, parret ende/mate-pair-læsninger fra tre store kommercielle næstegenerationssekventeringsplatforme: Illuminas Solexa, Roches 454 og Applied Biosystems SOLID. ART kan bruges til at teste eller sammenligne en række metoder eller værktøjer til næstegenerationssekventeringsdataanalyse, herunder læsejustering, de novo-samling, SNP- og variationsstrukturregistrering. ART blev brugt som et primært værktøj til simuleringsundersøgelse af de 1.000 genomer projekt. ART er implementeret i C ++ med optimerede algoritmer og er yderst effektiv i læsningssimulering. ART udsender læsninger i FASTQ-format, og sammenligninger i ALN-format. ART kan også oprette linjeføringer i SAM-sammenligning eller UCSC BED-filformatet. Teknikken, kan anvendes sammen med genomvariantsimulatorer (f.eks. VarSim) til evaluering af variantkaldværktøjer eller -metoder.

Other Packages Related to art-nextgen-simulation-tools

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [not armhf]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

• dep: libgsl23 (>= 2.5)

  GNU Scientific Library (GSL) - bibliotekspakke

• dep: libgslcblas0 (>= 2.4)

  GNU Scientific Library (GSL) - blas-bibliotekspakke

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• sug: art-nextgen-simulation-tools-profiles

  Profiler for simuleringsværktøjer til art

Download art-nextgen-simulation-tools

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,712.2 kB	5,779.0 kB	[list of files]
arm64	1,703.8 kB	5,727.0 kB	[list of files]
armhf	1,695.4 kB	5,620.0 kB	[list of files]
i386	1,719.3 kB	5,800.0 kB	[list of files]