Package: r-cran-shazam (0.1.11-1)

[ Source: r-cran-shazam  ]

Immunoglobulin somatisk hypermutationsanalyse

Denne pakke tilbyder en beregningsramme for bayesiansk estimering af antigen-drevet valg i immunglobulin-sekvenser (Ig), der tilbyder en intuitiv måde at analysere valg ved at kvantificere graden af selektiv pres. Tilbyder også værktøjer til at profilere mutationer i Ig-sekvenser, bygge modeller med somatisk hypermutation (SHM) i Qg-sekvenser og fremstille modelafhængige afstandssammenligninger af Ig-arkiver.

SHazaM er en del af analyserammen Immacantation for Adaptive Immune Receptor Repertoire-sekventering (AIRR-seq) og tilbyder værktøjer for avanceret analyse af somatisk hypermutation (SHM) i immunoglobulin-sekvenser (Ig). Shazam fokuserer på de følgende analyseemner:

 * Kvantifikation af mutational indlæsning
 * Statistiske modeller for SHM-målrettede mønstre
 * Analyse af valgpres via BASELINe
 * Modelafhængig afstandsberegninger

Other Packages Related to r-cran-shazam

• dep: r-api-3.5

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-base-core (>= 3.5.2-1)

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-cran-alakazam (>= 0.2.11)

  Immunoglobulin Clonal Lineage and Diversity Analysis

• dep: r-cran-ape

  GNU R-pakke for Analyses of Phylogenetics and Evolution

• dep: r-cran-diptest

  Hartigan's Dip Test Statistic for Unimodality - korrigeret

• dep: r-cran-doparallel

  GNU R-foreach parallel adapter til parallel pakke

• dep: r-cran-dplyr (>= 0.5.0)

  GNU R-grammatik for datamanipulering

• dep: r-cran-foreach

  GNU R foreach looping support

• dep: r-cran-ggplot2 (>= 2.0.0)

  Implementering af Grammar of Graphics

• dep: r-cran-igraph

  GNU R-netværksanalyse og visualisering

• dep: r-cran-iterators

  GNU R-iteratorunderstøttelse for vektorer, lister og andre containere

• dep: r-cran-kedd

  Kernel Estimator+Bandwidth Selection - Density+Derivatives

• dep: r-cran-kernsmooth

  GNU R-pakke for kerneblødgørelse og tæthedsestimering

• dep: r-cran-lazyeval

  GNU R lazy (ikkestandard) evaluering

• dep: r-cran-mass

  GNU R-pakke med Venables og Ripleys MASS

• dep: r-cran-progress

  GNU R - statusbjælker for terminalen

• dep: r-cran-scales

  Skaler funktioner for visualisering

• dep: r-cran-sdmtools

  Species Distribution Modelling Tools

• dep: r-cran-seqinr

  GNU R-biologiske sekvenser - indhentelse og analyse

• dep: r-cran-stringi (>= 1.1.3)

  GNU R- faciliteter til behandling af tegnstrenge

• dep: r-cran-tidyr

  GNU R-pakke til nemt at rydde op i data

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R-testpakke

Download r-cran-shazam

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	2,009.2 kB	2,726.0 kB	[list of files]