Package: jellyfish1 (1.1.11-4)

[ Source: jellyfish1  ]

Tæl k-mers i DNA-sekvenser

JELLYFISH er et værktøj for hurtig, hukommelseseffektiv optælling af k-mers i DNA. En k-mer er en understreng med længden k, og optælling af forekomsterne af alle sådanne understrenge er et centralt trin i mange analyser af DNA-sekvenser. JELLYFISH kan optælle k-mers via en i størrelsesorden mindre brug af hukommelse og via en i størrelsesorden større hurtighed end andre k-mer optællingspakker ved at bruge en effektiv kodning af en hashtabel og ved at udnytte cpu-instruktionen »compare-and- swap« til at øge parallelisme.

JELLYFISH er et program for kommandolinjen, som læser FASTA- og multi- FASTA-filer indeholdende DNA-sekvenser. Den fremstiller sin k-mer- optælling i et binært format, som kan oversættes til et læsevenligt tekstformat via kommandoen »jellyfish dump«.

Dette er den seneste version af 1.x-serien af jellyfish, som bruges af nogle andre programmer, som ikke er kompatible med version 2.x, som tilbydes i pakken jellyfish.

Other Packages Related to jellyfish1

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [i386]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• enh: kraken

  Tildeling af taksonomiske etiketter til korte DNA-sekvenser

Download jellyfish1

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	144.6 kB	684.0 kB	[list of files]
arm64	135.7 kB	635.0 kB	[list of files]
armhf	135.6 kB	551.0 kB	[list of files]
i386	161.6 kB	711.0 kB	[list of files]