all options
buster  ] [  sid  ]
[ Source: baitfisher  ]

Package: baitfisher (1.2.7+git20180107.e92dbf2+dfsg-1)

Links for baitfisher

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package baitfisher:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Programpakke til design af hybride berigelsessonder

Pakken BaitFisher består af to programmer: BaitFisher og BaitFilter.

BaitFisher blev designet til at konstruere hybride berigelsesbait'er fra flere sekvenssammenligninger (MSA'er) eller annoterede funktioner i MSA'er. Hovedformålet med BaitFisher er at undgå redundans i konstruktionen af bait'er ved at designe få bait'er i reserverede regioner af MSA'erne og designe flere bait'er i variable regioner. Dette gør brug af det faktum. at hybride berigelsesbait'er er forskellige i mindre omfang fra målregionen, som de skal fange i berigelsesproceduren. Ved at specificere den tilladt afstand mellem bait'er og sekvenserne i MSA'erne kan brugeren kontrollere den tilladte bait til bait-afstand og graden af reduktion i antallet af bait'er som bliver designet. Se pakken BaitFisher for detaljer.

BaitFisher blev designet (i) til at bestemme om bait'er binder uden specifikation til et referencegenom (ii) til at filtrere bait'er som kun har delvis længdematch til et referencegenom, (iii) til at bestemme den optimale baitregion i en MSA og til at konvertere bait'er til et format som kan overføres til et bait-konstruktionsfirma. Den optimale bait-region kan være den mest reserverede region i MSA'en eller regionen med det højeste antal af sekvenser uden hul eller tvetydige nukleotider.

Other Packages Related to baitfisher

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download baitfisher

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
amd64 193.8 kB534.0 kB [list of files]
arm64 173.9 kB494.0 kB [list of files]
armel 164.8 kB472.0 kB [list of files]
armhf 170.9 kB360.0 kB [list of files]
i386 205.8 kB556.0 kB [list of files]
mips 183.0 kB636.0 kB [list of files]
mips64el 185.4 kB645.0 kB [list of files]
mipsel 185.4 kB636.0 kB [list of files]
ppc64el 191.5 kB630.0 kB [list of files]
s390x 178.0 kB542.0 kB [list of files]