Package: tophat (2.1.1+dfsg1-2 and others)

[ Source: tophat  ]

Hurtig splejsningsforbindelsesoversætter for RNA-sekvenslæsninger

TopHat sammenligner RNA-sekvenslæsninger med genomer i mammalian-størrelse via ultra høj-gennemløb kortlæsningsssammenligneren Bowtie, og analyserer så resultaterne for at identificere splejsningsforbindelser mellem exoner. TopHat er et samarbejde mellem University of Maryland Center for Bioinformatics og Computational Biology og University of California, Berkeley Departments for matematisk og molekylær- og cellebiologi.

Other Packages Related to tophat

• dep: bowtie2

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

  or bowtie

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

• dep: libboost-system1.67.0

  bibliotek til operativsystem (eksempelvis diagnostisk understøttelse)

• dep: libboost-thread1.67.0

  flytbar C++-flertrådning

• dep: libc6 (>= 2.15)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python

  Interaktivt objektorienteret sprog på højt niveau - Python 2-version

• dep: samtools (>= 1.5)

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Download tophat

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.1.1+dfsg1-2+b1	654.2 kB	3,832.0 kB	[list of files]