Package: velvet (1.2.10+dfsg1-7)

[ Source: velvet  ]

Sekvens-assembler for nukleinsyre til meget korte læsninger

Velvet er en »de novo«-genomisk assembler som er specielt designet for teknologier til kort læsning, såsom Solexa eller 454, udviklet af Daniel Zerbino og Ewan Birney ved European Bioinformatics Institue (EMBL-EBI), nær Cambridge, i Storbritannien.

Velvet kan i øjeblikket tage korte læsesekvenser, fjerner fejl og fremstiller dernæst unikke »contig'er« i høj kvalitet. Det anvender derefter parvis læseinformation, hvis tilgængelig, til at indhente de gentagne områder mellem contig'erne.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Purpose: Analysing

Other Packages Related to velvet

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• sug: velvet-example

  Eksempeldata for sekvensassembleren Velvet

Download velvet

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	662.4 kB	1,255.0 kB	[list of files]
arm64	643.7 kB	1,214.0 kB	[list of files]
armel	659.4 kB	1,344.0 kB	[list of files]
armhf	645.5 kB	1,049.0 kB	[list of files]
i386	687.6 kB	1,430.0 kB	[list of files]
mips64el	662.0 kB	1,432.0 kB	[list of files]
mipsel	679.6 kB	1,485.0 kB	[list of files]
ppc64el	672.3 kB	1,586.0 kB	[list of files]
s390x	648.1 kB	1,302.0 kB	[list of files]