Package: kaptive (0.7.3-3)

[ Source: kaptive  ]

Indhent information om K- og O-typer for Klebsiella-genomsamlinger

Kaptive rapporterer information om I- og O-typer for Klebsiella-genomsamlinger.

Givet et nyt genom og en database med kendte loci (K eller O) vil Kaptive hjælpe en bruger med at bestemme om deres prøve har en kendt eller ny locus. Programmet udfører følgende for hver samling:

 * BLAST for alle kendte locus nukleotidsekvenser (via blastn) til at
   identificere det bedste match (»bedst« defineret som havende den
   højeste dækning).
 * Udtræk regionerne for samlingen der svarer til BLAST-træfninger (dvs.
   sekvensen locus i samlingen) og gem den til en FASTA-fil.
 * BLAST for alle kendte gener (via tblastn) til at identificere hvilke
   forventede gener (gener i den bedst matchende locus) der er til stede/
   mangler og om uventede gener (gener fra andre loci) er til stede.
 * Vis resultatet i et overblik i en tabelfil.

I tilfælde hvor din samling tæt matcher en kendt locus, bør Kaptive gøre det indlysende.

Other Packages Related to kaptive

• dep: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• sug: kaptive-data

  Referencedata for kaptive for Klebsiella-genomsamlinger

• sug: kaptive-example

  Eksempeldata for kaptive for Klebsiella-genomsamlinger

Download kaptive

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	31.8 kB	108.0 kB	[list of files]